Kurikulum dan Metode Pembelajaran
MI Muhammadiyah 2 Kudus Program Khusus menggunakan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP).
- Menggunakan metode Students Active dan Cooperative Learning, dimana siswa diberikan kesempatan berekspresi dan berkreasi sehingga menumbuhkan pribadi yang aktif, kreatif, inovatif, mandiri dan dapat memecahkan masalah dalam kehidupan sehari-hari (PAIKEM)
 - menggunakan Metode Pembiasaan dalam mengenalkan ilmu yang telah dikuasai
 
Tenaga Pendidik
& Profil Guru
MI Muhammadiyah 2 Kudus Progra Khusus ditangani oleh tenaga pendidik muda profesional yang mempunyai kualifikasi di
masing-masing bidangnya dan sebagian guru telah bersertifikasi.
Kegiatan Penunjang
- Shalat dhuha dan dhuhur berjamaah setiap hari
 - Out Bound
 - PPL
 - Pentas Seni
 - Ibadah Qurban
 - Bakti Sosial
 - Shalat Jum’at
 - Pesantren Ramadhan
 - Tartil
 - Tahfidz